Реки, каналы, водохранилища. На территории КЧР, которая является природным водосборником и обеспечивает поступление воды в два морских бассейна – Азово-Черноморский и Каспийский, протекает 419 больших и малых рек, а также Большой Ставропольский канал. Вода этих рек питает Карачаево-Черкесскую Республику, Ставропольский и Краснодарский края. КЧР входит в границы двух бассейновых округов – Западно-Каспийского и Кубанского. Основной водной артерией, источником водоснабжения населения, хозяйственной и промышленной деятельности на территории республики является р. Кубань. Бассейн реки Кубань ограничивается Главным Кавказским хребтом, Азовским морем и слабовыраженным водоразделом с реками равнинной части Ставропольского и Краснодарского краев. Бассейн реки расположен на западном крыле Северного склона Главного Кавказского хребта. Истоки р. Кубань берут свое начало с высот 2500 - 3000 м над уровнем моря. Река образуется от слияния большого числа ледниковых ручьев и рек. Общая площадь водосбора реки Кубани 57,0 тыс. км2, протяженность составляет около 870 км, суммарная длина всех ее притоков (более 10 км) 14 328 км. Основные крупные притоки в верховьях реки - это р. Теберда, р. Малый Зеленчук, р. Большой Зеленчук, р. Уруп, р. Большая Лаба. Площадь территории Карачаево-Черкесской Республики в пределах Кубанского бассейна 11,7 тыс. км2. Водохозяйственное влияние реки Кубань шире ее гидрографического бассейна и распространяется еще на 80 тыс. км2 на безводные степные районы Предкавказья. Такое влияние связано с действием крупной водохозяйственной системы (ВХС) Большого Ставропольского канала (далее БСК), в систему которого входит Усть-Джегутинское водохранилище (головные сооружения канала), Кубанское водохранилище, Каскад Кубанских ГЭС, расположенных в северо-восточной части республики. На территории республики кроме объектов, входящих в систему БСК, существуют еще два крупных гидротехническое сооружения, Эшкаконский гидроузел, представляющий собой регулирующее водохранилище и каскад Зеленчукских ГЭС в районе сел Кумыш и Сары - Тюз.
Озера. В КЧР около 600 озер. Подавляющее большинство из них располагается в высокогорной части – выше 2 000 м над уровнем моря. Только на территории Тебердинского государственного заповедника и на сопредельных территориях по речным бассейнам Большого Зеленчука, Малого Зеленчука, Теберды и Дуута учтено 380 озёр, общая площадь которых всего 4,44 км2. Следовательно, средняя площадь одного озера составляет около 1,17 га. Самыми крупными высоко-горными озёрами Карачаево-Черкесии являются Кяфар (20 га), Клухорское (17 га), Голубое Муруджинское (16 га), Уллу-Кель (15 га), Имеретинское (20 га). Большинство высокогорных озёр карово-котловинного или моренного запрудного происхождения, есть озера лавинного выбивания и гляциально-карстовые. Берега каменистые. Вода даже в летний период холодная (обычно в пределах 5–10 °С). Ледовый покров на озёрах, расположенных выше 2 000 м над уровнем моря, держится с октября по июнь. Имеется также ряд небольших озёр вдоль южного склона Скалистого хребта. Среди наиболее уникальных озёр необходимо отметить оз. Хурла-Кель – одно из самых древних на Кавказе. Предполагают, что этому озеру не менее 10–25 тыс. лет.
Нарзаны. Результаты исследований на территории КЧР более 200 источников минеральных лечебных вод широкого геохимического спектра показали, что Карачаево-Черкесская Республика обладает огромными ресурсами разнообразных минеральных вод, которых не имеют многие другие регионы России и сопредельные страны. Из семи групп подземных минеральных вод Евро-Азиатского материка в КЧР установлены воды шести групп: углекислые, полиметальные (железистые, мышьяковистые и др.), йодо-бромные, радоновые, кремнистые термальные и «неспецифические» минеральные воды. Наиболее представительны группы углекислых и «неспецифических» вод, включающие соответственно 15 и 10 различных геохимических (лечебных) типов. Установлено, что распределение вод отдельных лечебных групп и типов на территории Карачаево-Черкесии неравномерное, что связано со спецификой участия в их формировании комплекса ландшафтно-климатических, геолого-тектонических, гидрогеологических и физико-химических факторов в различных структурных зонах региона. Основное скопление минеральных источников наблюдается в бассейнах рек Уллу-Хурзук, Махар, Худес, Джалан-Къол, Индиш, Мара, Дуут, Уруп, Большая Лаба, Подкумок и Хасаут.
Уникальные гидроминеральные богатства региона в сочетании с весьма благоприятными ландшафтно-климатическими условиями являются основой для расширения действующих и создания сети новых здравниц и курортно-туристических комплексов республиканского, федерального и даже международного уровня.