В Хабаровском крае насчитывается более 200 тыс. рек (включая самые малые) общей протяженностью более 550 тыс. км и более 56 тыс. озер площадью водного зеркала свыше 4 тыс.кв. км.
Главной водной артерией края является река Амур – одна из крупнейших рек России, занимающая по площади бассейна (1 855 тысяч км²) четвёртое место среди рек России (после Енисея, Оби и Лены) и десятое место среди рек мира. Амур проходит по территории Хабаровского края 970 км в своем нижнем течении, пересекая шесть муниципальных районов (Хабаровский, Нанайский, Амурский, Комсомольский, Ульчский и Николаевский), и впадает в Татарский пролив. На реке расположены основные города края (Хабаровск, Комсомольск-на-Амуре, Амурск, Николаевск-на-Амуре). Ширина реки 1,5 — 2,5 км, в устье – до 45 км.
Большинство рек принадлежит бассейну Амура – Бурея, Биджан, Бира, Тунгуска, Горюн, Амгунь, Уссури, Анюй, Гур. Также выделяются реки Тумнин и Коппи, впадающие в Японское море, Тургур, Уда, Улья, Урак, Охота, Иня, впадающие в Охотское море. Реки имеют транспортное и рыбохозяйственное значение.
В крае много озер, преимущественно небольших и мелководных. Наиболее крупные озера находятся в бассейне реки Амур: Чукчагирское (район им. Полины Осипенко), Болонь (Амурский и Нанайский районы), Удыль (Ульчский район), Орель (Николаевский район), Большое Кизи (Ульчский район), Эворон (Солнечный район). На территории края находится часть Бурейского водохранилища.
На территории края также выявлены несколько типов минеральных подземных вод, наиболее распространены углекислые и азотные воды. Наиболее известны три месторождения: Анненские термальные источники (Ульчский район), Тумнинские (Ванинский район) и Мухенское месторождение (в Нанайском районе)