На территории Магаданской области можно выделить три основные природных комплекса:
- природный комплекс высокогорных, каменистых пустынь;
- природные комплексы тундры и лесотундры;
- природный комплекс тайги.
Четкую границу этих комплексов провести очень сложно. Тундра спускается далеко на юг до побережья Охотского моря на полуострове Кони. Нет такого района, где не была бы представлена тундра своими разновидностями. Лиственничные леса равнин и высокогорий расположены в верховьях правых притоков Анадыря, в бассейне Омолона и Анюя, Колымы и на Охотском побережье.
Высокогорные каменистые пустыни в области занимают примерно 21% от общей площади ее поверхности. Это царство камня, скал и снежников. На высоте более 1200 м в условиях сурового климата могут расти только накипные лишайники между камней - скальные мхи. Ниже появляются островки мелкокустарничковой тундры, которая повсеместно прерывается каменистыми осыпями. По распадкам, долинам ручьев до высоты 700 м уже растет низкорослый ивняк и кедровый стланик. Этот природный комплекс наиболее беден растительностью. На самых высокогорных участках, более 2200 м, растительный мир практически отсутствует.
Тундра в Магаданской области распространена повсеместно, но наибольшее развитие она получила в северных районах, где обширные территории совершенно лишены древесной растительности. В горных районах тундра представлена отдельными участками на некрутых склонах и водоразделах. Широко распространены толокнянка, куропаточная трава, багульник, брусника, астрагал, осока, ива, разнообразные мхи и лишайники.
На севере области тундра занимает обширные пространства приморских равнин и нагорья. В летнее время тундра представляет собой красочное зрелище. Склоны холмов и речных долин покрыты зеленым ковром трав и мхов. В поймах рек кое-где встречаются заросли ивняка. На светлом фоне мхов островками выделяются темно-зеленые заросли карликовых кустарничков высотой до 30 см. Из трав широко распространены вейник, мятлик, пырей, полярный мак, кипрей, рододендрон, осока, пушица, дикий лук и другие травы. Нередко встречаются каменистые россыпи. Тундра приморских равнин сильно заболочена, много кочкарника, часто встречаются озерки и ручейки.
Переходная зона между тундрой и тайгой - лесотундра. Для этой зоны характерны угнетенные формы растительности. Наибольшее распространение имеет низкорослая даурская лиственница, заросли карликовой березы ивы, кедрового стланика. Господствующие ветры придают кронам лиственницы причудливую, флагообразную форму.
Тайга в Магаданской области распространена по всему Охотско-Колымскому водоразделу, долинам реки Колымы, верхнему течению реки Анадырь и по бассейнам рек Охотского побережья. Основной лесообразующей породой является даурская лиственница. Она хорошо приспособилась к суровым природным условиям. На зиму деревья сбрасывают хвою, что значительно сокращает расход влаги в суровое время года. Лиственница может расти на заболоченных поймах рек, на водоразделах и горных склонах. Высота распространения лиственницы в горах для разных районов различна — от 700 до 1200 м.
Обширные площади заняты лиственничным лесом и редколесьем. По надпойменным террасам речных долин деревья достигают 20—З0 м высоты. Здесь же, в поймах рек, нередко растут душистый тополь, береза, чозения. Обычно такие леса носят ленточный характер. В подлеске хорошо развивается ива, ольховник, карликовая береза, багульник, шиповник, смородина, брусника, голубика, жимолость, рябина и кедровый стланик. Кедровник широко распространен на склонах гор и в приморских районах. Он покрывает большие площади каменистых россыпей. Кедровый стланик хорошо приспособлен к условиям зимы с сильными ветрами, морозами и оттепелями. Зимой ветви стланика, достигающие 3—6 м в длину, прижимаются к земле и, укрытые глубоким снегом, легко переносят сильные морозы и ветры. На пойменных участках, свободных от леса, хорошо развивается травяной покров. На лугах растет вейник, чемерица, мятлик, луговой горец, герань, пижма, осока, костер сибирский, кипрей и другие травы.
Из лекарственных растений можно выделить валериану, папоротник, можжевельник, бруснику, одуванчик, шиповник, рябину, жимолость и др.
В области встречаются редкие болотные растения – например, белокрыльник болотный или калла, а также несколько видов дикорастущих орхидей – венерин башмачок капельный, гудайеру ползучую, мякотницу однолистную, любку Хориса. Здесь можно обнаружить декоративную гипсофилу Гмелина, двулепестник альпийский, касатик гладкий, эдельвейс скученный, лилию пенсиьванскую. Среди редких кустарников и лиан можно встретить такие виды, как карагана гривастая, клематис бурый, ель сибирская, ивы магаданская и грушанколистная. В водоемах области встречаются рдесты – плавающий, сплюснутый и злаковый, ежеголовник всплывающий. На Кава-Челомджинском участке Магаданского заповедника произрастает ежевик коралловидный - гриб, занесенный в Красную книгу Магаданской области. Всего в Красной книге Магаданской области включены 108 видов растений.