Берега Магаданской области омываются на юге и юго-востоке водами Охотского моря. Магаданская область имеет протяженную береговую линию, омываемую водами Охотского моря. Близ города Магадана совершаются морские прогулки, а также до островов Талан, Недоразумения и Завьялова. Речная сеть Магаданской области представлена около 250 тыс. реками общей протяжённостью свыше 380,1 тыс. км (густота речной сети 0,82 км/км2), большая часть которых относится к малым рекам и ручьям. Главная водная артерия - река Колыма. Её притоки — Детрин, Тенька, Бахапча, Буюнда, Балыгычан, Сугой, Коркодон, Омолон, Дебин, Сеймчан и др. К бассейну Тихого океана относятся реки, значительно уступающие по протяжённости притокам Колымы: Тауй, Яна, Армань, Ола, Яма, Гижига и др. На реках Яма, Ола и Ланковая осуществляются многочисленные сплавные туры. По региональным данным на территории Магаданской области расположено свыше 24,6 тыс. озёр общей площадью около 2 тыс. км2, большая часть озёр (около 24,5 тыс.) – малые озёра с площадью менее 1 км2. Самые известные озера Магаданской области, которые посещаются туристами – о. Джека Лондона, о. Гранд, о. Танцующих Хариусов. Болота и заболоченные земли занимают 10,41% территории Магаданской области – 48 154 км2. Среди регионов федерального округа Магаданская область занимает третье место по общей площади болот и заболоченных территорий после Якутии и Хабаровского края.