Омское Прииртышье богато водными ресурсами. Все реки принадлежат бассейну Иртыша, который пересекает область на протяжении более чем 1 тыс. километров. Крупнейшие притоки на территории области – Омь, Тара, Ишим. Речная сеть слабо развита на юге и достаточно густо – на севере. Реки имеют преимущественно снеговое питание и хорошо выраженное весеннее половодье. В области насчитывается около 16 тыс. озер, из которых 245 соленых. Большие озера - Салтаим (площадь зеркала 147 км2), Тенис (118 км2), Ик (71,4 км2), Эбейты (83,3 км2).
На территории Омской области много болот. Они занимают более 3,5 млн. га, что составляет более 25% от общей площади.
В области имеются лечебные воды:
- гидрокарбонатно-хлоридные минеральные воды;
- сульфидные иловые лечебные грязи озера Ульджай;
- подземные горячие источники, в т.ч. в районе Ачаирского монастыря.