Флаг Республики Алтай, наряду с гербом, является государственным символом Республики Алтай Российской Федерации.
2 июля 1992 года, Законом Республики Алтай, был учреждён первый государственный символ — флаг Республики Алтай.
3 марта 1993 года, постановлением Верховного Совета Республики Алтай, было принято Положение о флаге.
Голубые полосы являются символом чистоты, неба, гор, рек и озёр Алтая.
Белые полосы олицетворяют вечность, стремление к возрождению, любви и согласию народов Республики Алтай.