В Хакасии насчитывается 337 видов птиц, относящихся к 19 отрядам. По характеру пребывания птиц можно разделить на несколько групп. Самую большую группу составляют гнездящиеся виды — 257 (из них оседлых и полуоседлых — 56 и перелетных — 201 вид). К пролетным относятся 22 вида, летающим -17, залетным — 16, прилетающим на зиму — 5 видов. В самостоятельную группу можно включить 20 видов с очень редкими летними нахождениями, характер пребывания которых неясен. Среди птиц здесь встречаются: королек, пеликан, скопа, фламинго (являются редкими видами птиц Хакасии).
На территории Хакасии обитает 75 видов млекопитающих, которые часто являются объектами охоты и промысла. На территории Республики обитают: марал, лось, косуля, сибирский горный козел и кабан. А также: соболь, бурый медведь, бобр, лисица, хомяки, землеройки, полевки, ежи, кроты и др. Три вида: заяц-русак, американская норка, ондатра — появились в результате аклиматизации, а два: бобр и кабан — при расселении из сопредельных территорий. Редкими животными Хакасии являются: снежный барс, красный волк, архар (эти животные занесены в Красную книгу России)
В озерах и реках Хакасии обитает около 37 различных видов рыб: таймень хариус, пелядь, сибирский осетр, ленок, форель.
В перечень животных, занесенных в Красную книгу Республики Хакасия 2014 года, включено 142 вида животных, в их числе: 90 — птиц, 17 — млекопитающих, 1 — круглоротых, 8 — рыб, 2 — земноводных, 1 — пресмыкающийся и 23 вида насекомых.