В республике имеются практически все виды водных объектов – горные реки, каровые озера, реки предгорий, водные объекты с равнинным типом режима (степные малые реки и озера замкнутых котловин). Большая часть территории Республики принадлежит среднему течению бассейна р. Енисей, которая в настоящее время зарегулирована гидротехническими сооружениями Красноярской, Саяно-Шушенской и Майнской ГЭС. Его водные ресурсы используются в первую очередь для выработки электроэнергии.
Поверхностные водоемы представлены целым рядом водохранилищ, наиболее крупные из которых Красноярское, Саяно-Шушенское, Майнское, а также более 500 озер: Белё, Шира, Чёрное, Иткуль, Улуг-Коль и другие. Республика Хакасия богата природными лечебными ресурсами: подземными минеральными водами, водами озер, содержащимися в озерах лечебных минеральных грязей. Наиболее известны своими бальнеологическими свойствами озёра Шира, Белё, Тус, Джирим, Власьево, Горькое, Утичье, Алтайское, Шунет, Ханкуль и ряд более мелких озер.
Наиболее крупные из них Беле, Шира, Иткуль и др. — сосредоточены в центре Ширинского р-на. В южной Койбальской степи, представляющей собой дно бывшего русла древнего Енисея, множество мелких озер. В обиходе эту местность называют "Сорокаозерка". Среди озер есть как пресные, так и соленые, многие из них целебные. Из многочисленных пресных озер, расположенных в горах, берут начало реки бассейна Енисея и Абакана.
На территории республики учтено 324 больших и малых рек, принадлежащих бассейнам рек Енисей и Обь. Кроме того, малые реки играют значительную роль в формировании эксплуатационных запасов подземных вод в степной части Республики, а также большую роль в сельскохозяйственном комплексе. Побережье Красноярского водохранилища имеет высокий потенциал для развития рекреации, особенно для местного населения.
Самые крупные реки: Енисей, Абакан (бассейн р. Енисей), Томь, Чулым, Белый Июс, Чёрный Июс (бассейн р. Обь).
Входя в котловину, древний Енисей растекался по плоской поверхности, образуя острова и заполняя широкую долину мощными напластованиями аллювиальных наносов (аллювий, от лат. alluvio — "нанос", "намыв", — отложения, формирующиеся постоянными водными потоками в речных долинах). В частности, в Койбальской степи в междуречье Енисея и Абакана есть места, где наносные пески не закреплены растительностью. Дюны и выдувы с песчаными останцами образуют здесь своеобразный ландшафт, напоминающий пустыни. Сейчас Енисей пересечен плотинами гидроэлектростанций.
Абакан, вторая по величине река Хакасии, берет начало высоко в горах в районе стыка Западного Саяна с Абаканским хребтом и течет на северо-восток вдоль Абаканского хребта. Поначалу это живописная горная река, пополняющая свои воды за счет многочисленных не менее живописных притоков (самые крупные из них — Она и Джебаш). Спустившись в долину, Абакан спокойно течет до места впадения в Енисей. Здесь он образует широкую пойму, которая к устью достигает ширины 5-8 км, с островами, протоками и старицами. Наиболее крупные притоки на этом участке — реки Таштып, Аскиз, Уйбат, стекающие по восточному склону Абаканского хребта. Каждая из них имеет собственный разветвленный водный бассейн.
Главный курорт Хакасии - озеро Шира (расположен в 175 км от г. Абакан), он построен на берегу одноименного соленого озера. Озеро является одним из 4-х в мире, где в естественном виде содержится глауберова соль, сернокислая магнезия. В сочетании со степным климатом, наличием сульфатных натриевых минеральных вод питьевого назначения и сульфидно-иловой грязью, данный курорт представляет собой уникальный комплекс для Южной Сибири.
Минеральная вода Ханкульского месторождения используется для розлива. Есть в Хакасии месторождение термальных (37° С) азотных гидрокарбонатных натриево-магниевых вод - «Горячий ключ», а также Малосырский источник маломинерализованных гидрокарбонатных натриевых с содержанием сероводорода и кремниевой кислоты. Радоновые воды средней концентрации Дикоозерского месторождения, используются для лечения в центре реабилитации «Туманный».
Озеро Белё - самый большой минеральный водоем Хакасии. Западная половина водоема более пресная, а восточная - более соленая. Вода соленой половины озера слабой минерализации, близка к морской. В ее составе преобладает сернокислый натрий, или глауберова соль.
Во всех Утичьих озерах вода минеральная, сульфатно-хлоридная, на дне - значительное количество лечебных грязей сложного состава. Наибольшие их запасы, сосредоточены в озере Утичье-З они используются для грязелечения на курорте «озеро Шира» и санаториях Хакасии и юга Красноярского края.
На территории выявлено 24 водоема с минерализацией более 10 г/дм3, которые могут быть использованы для ванн и купаний в лечебных целях. Наиболее минерализованными (до 92-149 г/дм3) являются озёра Тус, Алтайское-1, Камышовое. Открыты минеральные источники, которые используются для розлива и лечения. Созданы грязелечебницы.