Животный мир Томской области насчитывает около 2 тыс. видов и групп. Из них более 1,5 тыс. составляют различные группы беспозвоночных, 1 вид - круглоротые, 33 вида - рыбы, 6 видов - амфибии, 4 вида - рептилии, 326 видов - птицы и 62 вида - млекопитающие.
Обилие видового разнообразия во многом объясняется ландшафтно-экологическим обликом области. Из общей площади области (31439,1 тыс. га) 20022,4 относятся к лесным угодьям, 1365,3 - к полевым, 9146,6 тыс. га - к болотным; прочими угодьями занято 294,4 тыс. га. В связи с этим, в составе фауны области более половины всех животных обитают в лесах (или их производных), около трети всех видов тяготеют к водным и водно-болотным угодьям.
По характеру пребывания на территории области, большинство видов амфибий, рептилий и млекопитающих ведет оседлый или оседло-кочевой образ жизни; регулярные перелеты совершает только часть видов рукокрылых.
Среди птиц большинство составляют перелетные виды - 147, оседло-кочевые - 48, пролетные (пересекающие терри-торию области, но не размножающиеся в ее пределах) - 39 и зимующие (появляющиеся только в зимний период) - 4 вида. Значительным числом (62 вида) представлены залетные виды, пребывание которых на территории Томской области не закономерно. Основу популяции птиц области составляют 225 гнездящихся видов. Зимой численность птиц колеблется: в разные годы на территории области насчитывается от 30 до 60 видов, что зависит от наличия кормов (ягодных и семенных растений) и погодных условий. Орнитофауна Томской области по своему историческому происхождению имеет сибирско-европейский характер, со значительной долей участия транспалеарктических видов.
Рыбные ресурсы
Промысловые запасы водных биоресурсов Средней Оби в значительной степени связаны с мощностью пойменной системы и составляют в настоящее время 10 - 12 тыс. тонн. Промысловая ихтиофауна бассейна Средней Оби в Томской области в основном включает местные туводные частиковые, а также ценные виды рыб. К ценным относятся полупроходные виды рыб, поднимающиеся по р. Обь на нерест (осетр, нельма, муксун, пелядь), а также местная обская и чулымская стерлядь.
Рыбопродуктивность водных объектов составляет: р. Оби - 17,8 кг/га, пойменных водоемов р. Обь (протоки, курьи, пойменные озера) - 53,3 кг/га, притоков р. Обь - 18,0 кг/ га, таежных озер и мелких речек - 4,9 кг/га. Ихтиофауна водоемов области представлена 34 видами рыб. Промысловое значение имеют 14 видов рыб: стерлядь, нельма, муксун, пелядь (сырок), щука, налим, язь, лещ, судак, окунь, карась золотой и серебряный, сибирская плотва (чебак), елец.
На территории Томской области находится более 70% нерестилищ сиговых и осетровых видов рыб (осетр, нельма, муксун, пелядь) и 40% осетровых зимовальных ям всего Обского бассейна. Состояние запасов ценных видов всего бассейна р. Обь напрямую зависит от состояния их нерестовых стад в Томской области.
В последние годы естественные условия в водоемах Томской области очень благоприятны для формирования запасов озерно-речных рыб, составляющих основу рыбного промысла. Однако в состоянии запасов отдельных видов рыб имеются существенные различия, т.к. они в значительной степени колеблются в связи со вступлением в промысел поколений рыб различной «урожайности», а численность каждого поколения зависит, главным образом, от гидрологического и температурного режима в период нереста, развития икры и личинок. Запасы особо ценных видов рыб в значительной мере «контролируются» также интенсивностью их промыслового изъятия, в том числе незаконного (браконьерского).