На территории автономного округа находится 6 аэропортов, осуществляющих приём и отправку пассажиров, почты и грузов по межмуниципальным и межрегиональным направлениям.
Аэропорты городов Салехард, Новый Уренгой, Надым и Ноябрьск, имеют взлётно-посадочные полосы с искусственным покрытием и способны принимать воздушные суда всех типов.
Населённые пункты Тарко-Сале и Толька имеют аэропорты с грунтовыми взлётно-посадочными полосами и обслуживаются турбовинтовыми воздушными судами и вертолётами всех типов.
Аэропорт поселка Уренгой, входящий в ГУП ЯНАО «Аэропорт Тарко-Сале», обеспечивает только вахтовые и грузовые перевозки.
В связи с реконструкцией взлётно-посадочной полосы аэропорт Красноселькуп с 12 мая 2014 года переведён в статус посадочной площадки, авиаперевозки осуществляются только вертолётами. После завершения реконструкции аэропорт Красноселькуп будет иметь аэродром класса «В» с одной искусственной взлётно-посадочной полосой размерами 2000х45.
Кроме того, на территории автономного округа также осуществляют деятельность ведомственные аэропорты Ямбург, Бованенково и Сабетта, обеспечивающие вахтовые и грузовые перевозки.
Перевозки пассажиров, груза, багажа и почты на территории автономного округа и за его пределы выполняют более 10 российских авиакомпаний.
Аэропорт Салехард
Аэропорт регионального значения Салехард является важнейшим транспортным узлом, обеспечивающим связь с отдаленными труднодоступными населенными пунктами в западной части автономного округа. Зона обслуживания аэропорта Салехард составляет около трети территории округа. В неё входят города Салехард и Лабытнанги, Ямальский, Приуральский и Шурышкарский районы. Аэропорт Салехард имеет аэродром класса «Б» с одной искусственной взлётно-посадочной полосой размерами 2725х46.
Пропускная способность аэровокзала 160 пасс/час.
Аэропорт Надым
Аэропорт регионального значения Надым расположен в 10 км к юго-востоку от города Надым. Аэропорт Надым имеет аэродром класса «В» с одной искусственной взлётно-посадочной полосой размерами 2 548х46.
Пропускная способность аэровокзала 100 пасс/час.
Аэропорт Новый Уренгой
Аэропорт регионального значения Новый Уренгой расположен в 5 км юго-западнее г. Новый Уренгой. В зону транспортного обслуживания ОАО «Новоуренгойский объединенный авиаотряд» входит г. Новый Уренгой и Тазовский район, характеризующийся отсутствием альтернативных круглогодичных видов транспорта.
Аэропорт Новый Уренгой имеет аэродром класса «В» с одной искусственной взлётно-посадочной полосой размерами 2550х46.
Пропускная способность аэровокзала 200 пасс/час.
Аэропорт Тарко-Сале
К зоне транспортного обслуживания аэропорта регионального значения Тарко-Сале относится Пуровский район. Аэропорт Тарко-Сале имеет аэродром класса «Г» с грунтовой взлётно-посадочной полосой размерами 2000х104.
Пропускная способность аэровокзала 60 пасс/час.
Аэропорт Толька
К зоне транспортного обслуживания аэропорта регионального значения Толька относится Красноселькупский район. Аэропорт Толька имеет аэродром класса «Г» с грунтовой взлётно-посадочной полосой размерами 2250х75.
Пропускная способность аэровокзала 60 пасс/час.
Аэропорт Ноябрьск
Аэропорт регионального значения Ноябрьск находится в 17 километрах к юго-западу от одноименного города. Зона транспортного обслуживания аэропорта Ноябрьск включает в себя города Ноябрьск, Муравленко и Губкинский. Характеризуется наличием альтернативных видов транспорта – железнодорожным и автомобильным.
Аэропорт Ноябрьск имеет аэродром класса «В» с одной искусственной взлётно-посадочной полосой размерами 2509х42.
Пропускная способность аэровокзала 250 пасс/час.