Многообразие зональных и интразональных ландшафтов Алтайского края способствует видовому разнообразию животного мира.
Самая многочисленная группа животных в крае – беспозвоночные, а среди них – класс насекомых (более 400 видов). 31 вид насекомых занесен в Красную книгу Алтайского края.
Класс земноводных представлен в крае пятью видами, из которых два вида – тритон обыкновенный и углозуб – внесены в Красную книгу Алтайского края.
Из девяти видов пресмыкающихся в Красную книгу занесены гадюка степная, круглоголовка такырная, ящурка разноцветная, обитающие в некоторых степных районах края.
В регионе насчитывается более 320 видов птиц, из них в крае гнездятся от 220 до 290 видов. Из-за сокращения площадей наиболее важных мест гнездования полностью или частично исчезли змееяд, стрепет, дрофа. Из 84 видов птиц, занесенных в Красную книгу Алтайского края, жизнедеятельность более половины видов напрямую связана с водно-болотными угодьями края.
Млекопитающие представлены 82 видами. Наибольшее значение имеют дикие копытные и пушные звери, от добычи которых получают мясо, пушное, кожевенное и лекарственное сырье. За последние годы сократилась численность лося, бурого медведя, белки, сурка, кабарги, выдры. Отмечается незначительное уменьшение численности волка и бобра. Однако с 1996 года появилась тенденция увеличения численности некоторых животных, особенно лицензируемых для охоты видов – марала, косули, лося, бурого медведя, кабарги, соболя, кабана. Распашка огромных пространств равнинных лесостепей и степей привела к возникновению своеобразных антропогенных лесополевых и полевых местообитаний со специфическим населением животного мира. В северном лесополье среди млекопитающих господствующее положение приобрела полевая мышь. В полях на месте южных лесостепей и настоящих степей господствуют виды степной фауны – суслики и хомячки. Доминирующим стал краснощекий суслик, расширяющий свой ареал по распаханным землям.