Водные пути края представлены судоходными реками: Обь (судоходна на всем протяжении в пределах края), Бия, Катунь, Чарыш, Чумыш (судоходны в нижнем их течении). В зоне воднотранспортного обслуживания находится четвертая часть территории края с населением около миллиона человек.
Общая длина судоходных речных путей 779 км. Действуют два речных порта — в городах Барнауле, Бийске и три пристани.
Перевозку грузов на реках края осуществляют – ООО «Алтайречфлот» и ООО «Бийский речной порт», а перевозку пассажиров - ООО «Барнаульский речной порт», ООО «Бийский речной порт», ООО «Пристань Камень-на-Оби».
С целью выполнения задачи сохранения пассажирских перевозок на внутреннем водном транспорте, ежегодно бюджетами Алтайского края и г. Барнаула предусматриваются средства на погашение убытков, полученных от перевозки пассажиров на пригородных и городской линиях.
За навигацию 2017 года внутренним водным транспортном на пригородных линиях перевезено 80,2 тыс. пассажиров