Российское судоходство на Амуре началось с 1854 года. Амур судоходен по всей длине — от Покровки (в 4 км ниже по течению от слияния Шилки и Аргуни), где он имеет гарантированную ширину 300 метров и глубину 1,3 м, и до впадения в Амурский лиман.
Российские грузовые перевозки осуществляет Амурское речное пароходство. С 2010 -г. речной туризм отсутствует. Между Благовещенском и китайским городом Хэйхэ ходят т/х «Амур», в основном перевозя «челноков».Российские нормы плавания по пограничной части Амура запрещают частное и маломерное судоходство от Покровки (Забайкальский край) до Хабаровска, то есть более 2 000 км части Амура для плавания российскими частными лицами закрыто. Для граждан Китая подобных ограничений нет.
Зе́я (от эвенкийского «джеэ» — «лезвие») — крупнейшая река бассейна Амура. По глубине, ширине и водостоку превосходит Амур в месте слияния рек, но исторически считается его левым притоком. Река целиком протекает по Амурской области России, захватывая 64 % её территории, и в районе Благовещенска впадает в Амур. На Зее расположены города Зея, Свободный и Благовещенск. В верхнем течении находится Зейский природный заповедник площадью более 830 км².Река судоходна от устья до города Зея, этот участок протяжённостью 650 км входит в перечень водных путей РФ. До строительства Зейской ГЭС в высокую воду небольшие катера могли подниматься и выше, до посёлка Бомнак. Затруднением для судоходства являлось большое число мелководных перекатов в русле реки. На 2012 год судопропускными сооружениями плотина гидроэлектростанции не оборудована, судоходство возможно в верхнем и нижнем бьефе.