Речная сеть Курганской области входит в Обь-Иртышскую систему и принадлежит бассейну Карского моря. Гидрография Курганской области представляет собой две контрастные зоны. Первая из них представлена северо-западными, западными и центральными районами, которые располагаются в бассейнах рек Тобол, Исеть и Миасс и дренируются развитой речной сетью. Здесь же сосредоточенны основные запасы подземных вод. Вторая зона включает в себя очень маловодные южные и, особенно, юго-восточные районы, примыкающие к Казахстану. На востоке области реки практически отсутствуют.
На территории Курганской области широко распространены небольшие озера, занимающие бессточные впадины. Около 64 % всех озер имеют площадь менее 0,5 кв.км. Крупных озер площадью более 25 кв.км в области менее десяти, в основном они расположены в восточных районах области и являются солеными. Из общего числа озер 88,5 % – пресные, 9 % – соленые, 2,5 % – горько-соленые. Наиболее богаты озерами юго-восточные районы.
Болота составляют около 5 % площади области. Наиболее характерны для нашей области низинные болота – высокотравные и осоковые болота, менее распространены сфагновые (верховые) болота – рямы.