Территория республики состоит из 11 муниципальных образований (Майминский, Чемальский, Шебалинский, Онгудайский, Улаганский, Кош-Агачский, Усть-Канский, Усть-Коксиниский, Чойский, Турочакский, г. Горно-Алтайск), объединяющих 90 сельских администраций, в составе которых 248 населенных пунктов, единственный город Горно-Алтайск - столица Республики Алтай.