В Республике около 20 тысяч рек и 7 тысяч озер. В горах расположены источники минеральных вод, которые являются целебными, а ледники содержат огромные запасы пресной воды.
Реки Алтая – это мощные горные потоки с множеством живописных водопадов и сложнейших для прохождения порогов. Алтай считается одним из мировых центров водного туризма, где проводятся Чемпионаты по рафтингу мирового уровня. Самые протяженные реки Катунь и Бия, сливаясь, образуют реку Обь – одну из самых крупных рек Сибири.
Жемчужина Алтая – Телецкое озеро, одно из глубочайших озер мира. Расположенное на территории Алтайского государственного биосферного заповедника, озеро является объектом Всемирного наследия ЮНЕСКО.