Бурятия обладает уникальной и разнообразной флорой и фауной. В настоящее время на территории республики зарегистрировано 446 видов наземных позвоночных. Земноводные Бурятии представлены 6-ю видами из 2 отрядов. Пресмыкающихся в республике 7 видов. В орнитофауне республики насчитывается более 348 видов птиц. Млекопитающих в Бурятии отмечено 85 видов из 7 отрядов. Озеро Байкал и окружающую его территорию населяют 2500 различных видов животных и рыб, 250 из которых эндемичны. Наиболее известны байкальский омуль — промысловая рыба семейства лососёвых, а также живородящая голомянка — прозрачная рыба без чешуи и плавательного пузыря. Символ Байкала — нерпа. Тайну происхождения этого пресноводного тюленя в озере пока не удалось разгадать. В тайге обитают соболь, белка, лисица, колонок, горностай, рысь, косуля, кабарга, изюбрь, лось, кабан, медведь.
В Красную книгу России и Бурятии занесены байкальский осетр, даватчан, белый байкальский хариус, таймень и линь