Более 50% территории республики расположено в бассейне озера Байкал. В соответствии с федеральным законом «Об охране озера Байкал» данная территория вошла в состав Байкальской природной территории (БПТ), на которой установлен особый режим хозяйственной и иной деятельности. Акватория озера и прилегающие к ней особо охраняемые природные территории включены в центральную экологическую зону, на которой установлен более жесткий регламент хозяйственной и иной деятельности.