Республика Карелия располагает сравнительно развитыми внутренними судоходными водными путями сообщения (2700 км), имеет морские внешние связи со многими зарубежными странами. Водные пути на Онежском озере расходятся на запад, по реке Свирь, и на север, по Беломорско-Балтийскому каналу.
Онежский обводной канал (длина 67 км, ширина около 50 м) отходит от пристани Вознесенье и соединяет реку Свирь с Вытегорским каналом. Он был сооружен в обход Онежского озера в первой половине XIX века. От озера он проходит на расстоянии от 10 м до 1 - 2 км. В прошлом это был крупный перевалочный пункт с озерных судов на речные. После реконструкции Волго-Балтийского канала, по которому проходят суда типа «река – море», Онежский используется только для прохода маломерных судов. Однако все же остается важным промежуточным портом, в котором сходятся транзитные пути из Москвы и Поволжья, а также с Белого моря через Беломоро-Балтийский канал и Онежское озеро.
Беломорско-Балтийский канал соединяет Белое море с Онежским озером. Трасса канала проходит от поселка Повенец на Онежском озере до города Беломорск на Белом море. Он был введен в эксплуатацию 20 июня 1933 года. Канал объединил водные пути северо-западной, а затем и центральной частей СССР с судоходными реками бассейна Белого моря - Северной Двиной, Онегой, Мезенью. Ввод в эксплуатацию канала позволил исключить необходимость доставки природных ресурсов Кольского полуострова и Карелии к пунктам переработки далеким кружным путем в обход Скандинавского полуострова. Общая протяженность канала составляет 227 км, в том числе 7 км приходится на подходной канал со стороны Белого моря. Искусственная часть канала имеет протяженность 37 км. На Беломорско-Балтийском канале имеется 19 шлюзов, 15 плотин, 49 дамб, 12 водоспусков.
Волго-Балтийский водный путь (бывшая Мариинская водная система) соединяет Волгу с Балтийским, а через Беломорско-Балтийский канал с Белым морем. Проходит через Рыбинское водохранилище до г. Череповец, р. Шексна, Белозерский канал, р. Ковжа, Мариинский канал, р. Вытегра, Онежский канал, р. Свирь, Ладожское озеро и р. Нева. Мариинская водная система, сооруженная в начале XIX века, после коренной реконструкции в 1964 году была переименована в Волго-Балтийский водный путь. Его длина около 1100 км, а глубина не менее 4 метров.
На протяжении многих лет большой популярностью у иностранных и российских туристов пользуются речные круизы. Круизы на Валаам, Кижи и Соловки являются одними из наиболее востребованных маршрутов.