Государственный природный заказник федерального значения «Хакасский». Дирекция заповедника расположена по адресу: г. Абакан, ул. Цукановой, д.164. Особо охраняемая природная территория. Режим охраны определен Положением о ФГБУ «ГПЗ «Хакасский», утв. приказом Министерства природных ресурсов и экологии РФ от 17.03.2005 № 66. За соблюдение режима охраны объекта отвечает дирекция ФГБУ ГПЗ «Хакасский». ГПЗ «Хакасский» образован Постановлением Правительства Российской Федерации 04.09.1999 № 1004 на базе государственных природных заповедников «Чазы» и «Малый Абакан», и включает в себя 9 кластерных (изолированных) участков в Орджоникидзевском, Ширинском, Боградском, Усть-Абаканском и Таштыпском районах. Общая площадь заповедника – 267,6 тыс. га. ГПЗ «Хакасский» является природоохранным, научно-исследовательским и эколого-просветительским учреждением федерального значения. Главной целью деятельности заповедника является сохранение и изучение естественного хода природных процессов и явлений, сохранение генетического фонда растительного и животного мира, а также отдельных видов и сообществ растений и животных.
Государственный природный заказник федерального значения «Позарым». Дирекция заповедника расположена по адресу: г. Абакан, ул. Цукановой, д.164. Особо охраняемая природная территория. Режим охраны введен в соответствии с распоряжением Председателя Правительства РФ № 2210-Р от 8 .12. 2011 года. За соблюдение режима охраны объекта отвечает дирекция ФГБУ ГПЗ «Хакасский». Заказник имеет профиль биологического и предназначен для сохранения и восстановления популяций редких и находящихся под угрозой исчезновения объектов животного и растительного мира, занесенных в Красные книги Российской Федерации и Республики Хакасия, в том числе сибирского горного козла, северного оленя лесного подвида, горного барана-аргали, снежного барса, красного волка, а также среды их обитания. Заказник расположен на землях общей площадью 253742,5 гектаров в Таштыпском районе республики Хакасия.
Государственный природный заказник «Боградский» расположен в Боградском районе Республики Хакасия. Действующий. Образован Постановлением Правительства Республики Хакасия от 14.08.2000 № 146 (с последующими изменениями) «Об организации государственных природных зоологических заказников «Боградский», «Июсский». За соблюдение режима охраны объекта отвечает Государственное казенное учреждение Республики Хакасия «Дирекция по особо охраняемым природным территориям Республики Хакасия», Государственный комитет по охране объектов животного мира и окружающей среды Республики Хакасия. Выполняет функции поддержания целостности естественных сообществ, сохранения, воспроизводства и восстановления, ценных в хозяйственном, научном и культурном отношении, а также редких и исчезающих видов диких животных. Является местом зимней концентрации копытных животных. Предназначен для сохранения и восстановления поголовья косули, лисицы, тетерева, глухаря.
Государственный природный заказник «Июсский» расположен в Ширинском районе Республики Хакасия. Действующий. Образован Постановлением Правительства Республики Хакасия от 14.08.2000 №146 (с последующими изменениями) «Об организации государственных природных зоологических заказников «Боградский», «Июсский». За соблюдение режима охраны объекта отвечает Государственное казенное учреждение Республики Хакасия «Дирекция по особо охраняемым природным территориям Республики Хакасия», Государственный комитет по охране объектов животного мира и окружающей среды Республики Хакасия. Выполняет функции поддержания целостности естественных сообществ, сохранения, воспроизводства и восстановления, ценных в хозяйственном, научном и культурном отношении, а также редких и исчезающих видов диких животных. Предназначен для охраны редких видов животных, мест гнездования птиц (балобан, сапсан, филин и др.), исторических мест.
Государственный природный заказник «Кискачинский» расположен в Усть-Абаканском районе Республики Хакасия. Действующий. Образован Постановлением Правительства Республики Хакасия от 10.12.2010 № 659 (с последующими изменениями) «Об образовании особо охраняемой природной территории - государственного зоологического заказника регионального значения «Кискачинский» (вместе с «Положением о государственном зоологическом заказнике регионального значения «Кискачинский»). За соблюдение режима охраны объекта отвечает Государственное казенное учреждение Республики Хакасия «Дирекция по особо охраняемым природным территориям Республики Хакасия», Государственный комитет по охране объектов животного мира и окружающей среды Республики Хакасия. Предназначен для сохранения и восстановления популяции диких копытных животных (косуля сибирская, лось, благородный олень (марал), кабан) и среды их обитания, а также редких и находящихся под угрозой исчезновения объектов животного и растительного мира, занесенных в Красные книги Российской Федерации и Республики Хакасия.
Государственный природный заказник «Урочище Трехозерки» расположен в Алтайском районе Республики Хакасия. Действующий. Образован Постановлением Правительства Республики Хакасия от 19.06.2014 № 274 «Об образовании особо охраняемой природной территории регионального значения - государственный природный зоологический заказник «Урочище Трехозерки» (вместе с «Положением об особо охраняемой природной территории регионального значения - государственный природный зоологический заказник «Урочище Трехозерки»). За соблюдение режима охраны объекта отвечает Государственное казенное учреждение Республики Хакасия «Дирекция по особо охраняемым природным территориям Республики Хакасия», Государственный комитет по охране объектов животного мира и окружающей среды Республики Хакасия. Предназначен для сохранения мест массовой концентрации редких и исчезающих видов птиц (занесенных в Красную книгу Российской Федерации и Красную книгу Республики Хакасия).