Республика богата водными ресурсами. Ее главной артерией является река Волга с ее крупными притоками. Она протекает по территории Марий Эл на протяжении 155 км. Наиболее крупные притоки Волги - реки Ветлуга, Сура, Большая и Малая Кокшага, Илеть. Самая длинная река Марий Эл - Малая Кокшага (219 км).
Реки Илеть, Большая Кокшага, Ишут и Кундыш относятся к наиболее экологически чистым рекам Европы. И потому в республике хорошо развит водный туризм. Особенно популярны походы на байдарках. Рыбалка в Марий Эл порадует даже самого взыскательного рыболова. В реках республики водятся такие ценные породы рыб как осетр, стерлядь, белорыбица, сом, сазан, сырок, вобла и т.д.
Речка Вонча – самая чистая река в мире, а не только Республики Марий Эл и Европы.
В целом в республике насчитывается 476 рек, около 600 озер и 155 прудов. Озера – это народное достояние края. Провальные, междюнные, пойменные, они манят к себе прохладой и освежающей водой. Самая большая группа озер находится на краю уступа Сотнурской возвышенности, где цепочкой расположены 11 озер. Общая площадь озер республики – около 200 кв. км. Самое большое озеро Марий Эл –Яльчик (до 195 га) Самое глубокое озеро Марий Эл – Табашинское (56 м). Самое прозрачное озеро Марий Эл – Нужъяр (8 м). Самое глубокое карстовое озеро в Республике Марий Эл – Зрыв. Его глубина достигает 56 метров. Большинство провальных озер, находящихся в лесных массивах, очень живописны. На их берегах расположены туристские стоянки, спортивно-оздоровительные лагеря, дома отдыха и санатории.