В гидрографической сети республики насчитывается 1 525 рек. Крупнейшие из них – Мокша (приток Оки) и Сура (приток Волги), которые имеют протяженность 440 км.
Мокша протекает по западной части, к ее бассейну относятся Вад, Сивинь, Исса, Сатис, Урей и Уркат (53 % всей площади Мордовии).
Основные притоки Суры – Алатырь, Большая Кша, Чеберчинка, Штырма и Меня (47 %). Полностью на территории региона протекают только Инсар и Сивинь.

Почти все озера республики (их около 500) по происхождению – пойменные (старицы), но встречаются и карстовые (например, Ендовище в г. Темникове).
Жемчужиной Мордовии является самое большое озеро Инерка (площадь – 44,2 га, длина – около 3 км, максимальная ширина – 215 м, максимальная глубина – 12 м (средняя – 7 м)).

Имеются также низинные, переходные и верховые болота, занимающие 16,5 тыс. га, и подземные воды. Многие из озер и болот объявлены особо охраняемыми природными территориями.

На территории Мордовии выявлено 1907 родников. Многие из них относятся к памятникам природы.