Судоходными являются реки Обь, Васюган, Кеть, Томь, Парабель, Чулым и Чая.
Речной транспорт ввиду отсутствия дорог во многих районах являются одним из основных видов транспорта в Томской области. Очень велика роль речников в осуществлении северного завоза, когда в короткий период высокой воды завозятся грузы в труднодоступные районы. Пристани имеются практически во всех населённых пунктах, находящихся рядом с более-менее крупными реками, крупнейший порт области — Томский речной порт.
Перевозки в основном осуществляются Томской судоходной компанией.
Пассажирские рейсы в настоящее время развиты мало, используются теплоходы типа «Заря», «Москва». Ранее использовались также суда типа «Ракета», «Метеор». В местах, где отсутствуют мосты, в летнее время действуют паромные переправы. Речные суда также используются для организации загородных прогулок, отдыха на воде.