Протяженность автомобильных дорог общего пользования с твердым покрытием 7156 км. Два райцентра (Александровское, Белый Яр) и два города (Стрежевой, Кедровый) не соединены с областным центром дорогами с твердым покрытием. Построены автомобильные дороги, обеспечивающие межрегиональные связи по направлениям Томск – Юрга; Томск – Кожевниково – Новосибирск, Томск – Мариинск. Протяженность водных путей – 5195 км.
В ноябре–марте для завоза грузов на север области используются «зимники» (зимние временные дороги).
В настоящее время в Томской области, в рамках Транспортной стратегии России, разработаны проекты строительства Северной Широтной дороги (Томск – Нижневартовск – Ханты-Мансийск – Пермь), дороги «Тобольск – Тара – Томск», реализация которых намечена на период до 2010–2020 гг. Эти проекты помогут улучшить транспортную обеспеченность области.