Судоходство осуществляется по рекам Оке и Клязьме (ниже г. Вязники). Перевозятся, в основном, местные грузы, строительные материалы. Крупнейший речной порт – Муром, значительно превосходящий по грузообороту Вязники.
Имеющийся на территории области речной порт Муром находится в частной собственности. Регулярные грузовые и пассажирские перевозки внутренним водным транспортом по области в настоящее время не осуществляются, в том числе по реке Клязьма – ввиду обмеления судового хода.