Фауна области довольно разнообразна и представлена 48 видами млекопитающих, 245 видами птиц, 6 видами рептилий, 8 видами амфибий, 57 видами рыб, 461 видом чешуекрылых. Численность основных видов животных Вологодской области составляет:
- беспозвоночные – 14 - 15 тысяч видов (по предварительной оценке);
- позвоночные – 411, из них: рыбы – 57 видов, с учетом жилых форм 68 разновидностей из 17 семейств; круглоротые – 3 вида миног; амфибии – 9 видов; рептилии – 6 видов; птицы – 264; млекопитающие – 60 видов.
В Красную книгу Вологодской области включены 153 таксона животных:
- беспозвоночных – 61 вид, в том числе: моллюски – 2, ракообразные – 2, паукообразные – 1, насекомые – 56;
- позвоночных – 92 вида, в том числе: круглоротые – 2, рыбы – 9 (с учетом разно- видностей), амфибии – 4, рептилии – 2, птицы – 61, млекопитающие – 14 видов.
На территории области зарегистрировано 44 видов животных, занесенных в Красную книгу Российской Федерации, в том числе: моллюски – 1 вид, насекомые – 7 видов, костные рыбы – 7 видов, птицы – 27 видов, млекопитающие – 2 вида. Из животных, обитающих на территории области, занесены в Красную книгу России: скопа, беркут, орлан-белохвост, сокол-сапсан;
кубенская нельма, озерная форель, подкаменщик обыкновенный, минога речная.
В водоемах обитает 58 видов рыб, с учетом подвидов - 80 форм, в т.ч. особо ценные – стерлядь, нельма, лосось, форель, палия. Встречаются узкопалый и широкопалый речные раки. Суммарная биологическая масса всех видов рыб в водных объектах области составляет около 30-40 тыс. тонн, ежегодный естественный прирост ихтиомассы – 3-4 тыс. тонн.
Ядро охотничье-промысловой фауны составляют 22 вида зверей и 15 видов птиц. Охота по лицензиям ведется на следующих животных: лось, кабан, медведь, бобр, выдра. Численность лося составляет около 40 тыс., медведя – 8,9 тыс., кабана – 6,7 тыс. особей.
Общая площадь охотничьих угодий Вологодской области составляет 14 291,4 тыс. га. Из них, по состоянию на 1 января 2015 года, 8397,4768 тыс. га занимают общедоступные охотничьи угодья, 5159,0623 тыс. га или 36% от общей площади охотугодий области предоставлены юридическим лицам для пользования объектами животного мира с целью охоты. При этом 73% предоставленной в долгосрочное пользование территории охотугодий закреплено за общественными организациями, 1% – за организацией муниципальной формы собственности, 26% – за коммерческими организациями. Площадь государственных природных зоологических заказников составляет 424,354 тыс. га.