Вологодская область расположена в зоне средней и южной тайги. 
Почвы на севере подзолистые, на юге дернисто-подзолистые. Часто встречаются подзолисто-глеевые, дерново-карбонатные, болотные, аллювиальные почвы. 
Основу растительного покрова области составляют леса. На долю лесов и древесно-кустарниковых насаждений приходится 10781,3 тыс. га (74,6%). Коренными насаждениями являются ельники, растущие на суглинках и сосновые леса, растущие на легких песчаных и супесчаных почвах.

Численность основных видов растений Вологодской области:

- сосудистые растения – 1706 видов (649 родов, 137 семейств), в том числе 992 аборигенных вида растений, относящихся к 392 родам 106 семейств. Десять ведущих семейств включают 54,7 % видов от всей аборигенной флоры региона;

- мохообразные – 340 видов;

- водоросли – более 1000 видов;

- лишайники – 270 видов;

- грибы – 34 вида.

Постановлением Правительства Вологодской области от 20 марта 2004 года № 320 (с последующими изменениями) «Об учреждении Красной книги Вологодской области» утверждены списки видов растений и грибов, занесенных в Красную книгу Вологодской области, в которую включены 294 вида, в том числе:

- сосудистые растения – 201 вид;

- лишайники – 31 вид;

- грибы – 21 вид;

- мхи – 36 видов;

- водоросли – 4 вида.

В Красную книгу Российской Федерации занесены 10 видов цветковых растений, 2 – высших споровых, 6 – грибов, 4 – лишайников, произрастающих на территории области.