Область расположена в пределах лесной зоны. Её северная часть относится к западному району таёжно-хвойных лесов, а южная - к северо-западному району хвойных и широколиственных лесов. По абсолютной площади, лесов больше в Пошехонском и Переславском районах, меньше - в Мышкинском и Некрасовском районах. Общая площадь земель лесного фонда - 1779,5 тыс. га; лесистость - 45,2%. Преобладают мягколиственные насаждения, из них наиболее часто встречается берёза и осина. Хвойные леса занимают 39%, из них сосна - 13%, ель - 26%. Из твердолиственных пород на юге области произрастает дуб на площади 1,7 тыс. га. К коренным лесам области относятся ельники, сосняки и черноольшаники. На месте сведения лесов коренных типов возникли вторичные лесные сообщества. Из ельников чаще всего встречаются ельники-зеленомошники, включающие следующие ассоциации: ельники - кисличные, черничные, брусничные. Сосновые леса встречаются реже ельников и приурочены главным образом к правобережью Волги на участке Углич-Рыбинск, а также к Нерльской и Волжско-Костромской низинам. Среди сосняков можно выделить группы: беломошниковые (лишайниковые), сфагновые, зеленомошные, сложные и травяные. Берёзовые леса составляют более 40% лесов области. В образовании их чаще всего принимает участие берёза повислая, а на почвах с избыточным увлажнением встречается и берёза пушистая. Осинники произрастают на сравнительно богатых почвах. Осина может образовывать также берёзо-осиновые и елово-осиновые насаждения. Это самое быстрорастущее дерево лесов области. Довольно часто встречаются сероольховые леса. Они формируются обычно близ населённых пунктов или по берегам рек, подвергаются постоянному воздействию человека. Менее распространены леса из ольхи клейкой. Из древесных пород, вводимых в леса искусственно, более широко представлены лиственница сибирская, сосна сибирская или кедр, сосна Банкса. Заслуживает внимания разведение кедра, но его посадок мало, главным образом из-за недостатка семян и уничтожения посадок лосями. Более широко культивируется лиственница сибирская - исключительно быстрорастущая порода, введение которой в леса способствует увеличению их производительности.
Дикорастущая флора области насчитывает около 1130 видов растений, Из них 252 вида встречаются редко, 63 видам требуется усиленная охрана, 9 видов занесены в Красную книгу России. Это: венерин башмачок настоящий, ятрышник шлемоносный, офрис насекомоносный, надбородник безлистный, борец Флёрова, липарис Лезеля, пальцекорник Траунштейнера, полушник озёрный и полушник щетинистый. За последние 50 лет из флоры Ярославского Поволжья исчезли венерин башмачок крапчатый, водяной орех, неоттианта клобучковая и некоторые другие, сократились запасы сон-травы, люки двулистной, ландыша, валерианы и др. В связи с вырубкой лесов и осушением болот сокращаются запасы обычных видов (клюквы, голубики, лещины). В растительном покрове области существенное место занимает болотная растительность. Болотами занято 95,6 тыс. га. На болотных массивах произрастают около 90 редких для области видов, среди которых немало реликтов доледникового периода и ценных молодых растений (водянка, лосняк Лезеля, берёза карликовая, тайник сердцелистный, малина хмелелистная, ива черниковидная, пальцекорник Траунштейнера и др.). Флора области богата видами растений, имеющими большое практическое значение: древесно-целлюлозно-бумажные и декоративные, дубильные, пищевые и пряно-ароматические, лекарственные и ядовитые, кормовые, медоносные, перганосные и сорно-полевые.