На территории более 3700 озер, самым крупным из которых является Псковско-Чудское озеро, занимающее по величине (3558 км2). Большая часть озерного фонда области – 77,5% - представлена небольшими водоемами, площадью до 0,1 км2. Относительно крупных озер, площадью от 11,3 до 51,3 км2 насчитывается 12. Основная масса малых озер сосредоточена в южных районах.
Самым крупным из которых является Псковско-Чудское озеро, занимающее по величине (3558 км2) четвертое место в Европе после Ладожского, Онежского и Венерн.
Реки области относятся к восточно-европейскому типу с ярко выраженным весенним половодьем, летней и зимней меженью. Реки принадлежат бассейну Балтийского моря. Из рек самыми крупными являются Великая, Ловать, Шелонь и Плюсса.
Река Великая - самая крупная река Псковской области, (длина 430 км), берет начало на Бежаницкой возвышенности из ключей у Родиной горы, около деревни Скоково, и впадает в Псковское озеро.
Река Плюсса - одна из крупнейших рек Псковской области. Начинается она примерно в 40 км южнее г.Луга. Вначале река течет на северо-запад по направлению к Чудскому озеру, а затем поворачивает на север и переходит из Псковской в Ленинградскую область. На этом участке она течет параллельно р.Нарове, вытекающей из Чудского озера. Обе эти реки впадают с юга в Нарвское водохранилище. Длина реки более 200 км.
Болота занимают значительные пространства на территории Псковской области, особенно в ее восточной части, где расположен Полистовский болотный массив. На территории региоона расположен Полистовский болотный заповедник.